La Gobernación del Magdalena, en el año 1968, adquirió el lote para la construcción de un nuevo hospital que reemplazara las instalaciones del hospital “San Juan de Dios”.

En 1970, siendo Ministro de Salud el Doctor José Ignacio Díaz Granados Altamora, le correspondió ordenar el estudio y diseño del proyecto de construcción y dotación del Hospital Central de Santa Marta, trabajo que se prolongó a través de su gestión como parlamentario. En 1992 tras el cierre del Hospital San Juan de Dios, se dio apertura al Hospital Central y en honor al médico Ginecobstetra Julio Méndez Barreneche, se optó por su nombre en el nuevo hospital.

En 1995, se inicia un proceso de reestructuración, y en 2004 se da liquidación definitiva de la institución.

En Abril de 2006, el Centro de Rehabilitación y Diagnóstico “Fernando Troconis” estructura contigua al Hospital Central, de II nivel de atención con servicios básicos de salud mental, a la cabeza de su Gerente Doctor Juan Eljadue Gutiérrez y el Gobernador del Departamento del Magdalena Doctor Trino Luna Correa, se da la ampliación de servicios de III y IV nivel, tomándose las instalaciones del antiguo Hospital Central, iniciándose con Consulta Externa Especializada, a partir de Marzo de 2007, se complementan los demás servicios para brindarlos a la comunidad del Magdalena y otros Departamentos de la Costa, con una proyección amplia, moderno y gran sentido social.

EL HOSPITAL UNIVERSITARIO FERNANDO TROCONIS, cuenta con un Área Física de 45770m2 con amplias Zonas Verdes, un edificio de 9 pisos dividido en 3 bloques de Servicios y un área anexa donde funciona la unidad mental.

En el primer piso, están ubicados los Consultorios, Laboratorio Clínico, Ayudas Diagnósticas, entre otros. En el segundo piso están ubicadas las oficinas administrativas en diferentes dependencias. Del tercero al octavo piso contamos con habitaciones, Quirófanos y UCI. En el noveno piso contamos con un auditorio con capacidad para 150 personas con la opción de convertirse en tres salones para diferentes eventos. En la Institución contamos con unas dependencias que ofrecen apoyo logístico como son: Lavandería, Cocina, Almacenamiento de Suministros, Taller de Mantenimiento, Planta Eléctrica y Calderas.

Nos encontramos ubicados estratégicamente en un polo de desarrollo del sector de salud en el Distrito de Santa Marta con amplias vías de acceso.

La Empresa Social del Estado Hospital Universitario Fernando Troconis ofrece servicios de III y IV Nivel de Complejidad a la población del Departamento del Magdalena y Departamentos vecinos, convirtiéndose en la institución con el mayor y más variado grupo de profesionales en la región.

En cobertura Geográfica el Hospital Universitario Fernando Troconis se convierte en la institución de Alta Complejidad de referencia de los 30 municipios del Departamento del Magdalena, como de los Departamentos de La Guajira y Cesar.